В соответствии с решением Президента Российской Федерации Д.А.Медведева в поддержку инициативы Предстоятеля Русской православной церкви Алексия II в октябре 2008 года учреждён благотворительный фонд по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря (далее – фонд). Под их председательством 20 октября 2008 года в Кремле прошло первое заседание попечительского совета фонда (всего было проведено четыре заседания совета). Попечительский совет фонда является высшим общественным надзорным органом фонда. В настоящее время сопредседателями попечительского совета фонда являются Председатель Правительства Российской Федерации Д.А.Медведев и Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. К органам управления фонда также относятся правление фонда и исполнительный директор.

В настоящее время под эгидой фонда в Ново-Иерусалимском монастыре отреставрированы и сданы два объекта:

- надвратная церковь Входа Господня в Иерусалим со Святыми вратами, к концу 2012 года будут завершены работы по её внутреннему убранству (изготовление деревянного резного иконостаса, паникадил и икон);

- церковно-приходская школа, приспособленная для проживания братии монастыря. В здании оборудовано 16 келий. К 2016 году здание школы будет отреставрировано и окончательно приспособлено для использования в качестве Воскресной монастырской школы.

Продолжаются работы над собором Воскресения Господня с подземной церковью Константина и Елены, также ведётся восстановление разрушенной колокольни собора Воскресения Господня. На период реставрации обеспечено надёжное сохранение изразцового иконостаса XVII века в церкви Всех Святых на первом ярусе колокольни. Ведутся работы над северной и восточной башнями монастыря, а также работы со стенами монастырской ограды (северная часть). Начаты работы по укреплению северного склона холма, на котором расположен монастырь. По согласованию с Минкультуры России разрабатывается новый проект реставрации и приспособления для церковного использования Богоявленской пустыни Патриарха Никона (скит). Реставрационные работы по данному объекту начнутся в 2013 году.

Институтом археологии РАН в монастыре проводятся археологические исследования. В ходе археологических раскопок был сделан ряд открытий, которые используются при восстановлении исторического облика святой обители.

На реставрацию монастыря ежегодно из федерального бюджета выделяется 1 млрд рублей. Принято решение об увеличении финансирования до 3 млрд рублей в год.

С 2008 года на счета фонда от юридических и физических лиц поступило 821 млн рублей пожертвований. Все пожертвования направляются на финансирование работ в монастыре.