Федеральное агентство по недропользованию является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом, а также правоприменительные функции в сфере недропользования. 

Основными функциями Федерального агентства по недропользованию являются:

а) организация работ по воспроизводству минерально-сырьевой базы и ее рациональному использованию;

б) проведение геологического изучения недр на территории Российской Федерации и континентальном шельфе Российской Федерации;

в) ведение федерального и территориальных фондов геологической информации о недрах, а также банка данных по вопросам недропользования;

г) управление в пределах своей компетенции федеральным имуществом в сфере недропользования, в том числе управление государственным фондом недр;

д) осуществление в пределах и порядке, определенных федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, полномочий собственника в отношении необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти федерального имущества, в том числе переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным казенным предприятиям и государственным учреждениям, подведомственным Агентству;

е) ведение государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых, государственного учета работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также для целей, не связанных с их добычей, и включение их в государственный реестр, ведение государственного баланса запасов полезных ископаемых, осуществление мониторинга состояния недр;

ж) предоставление в установленном порядке права пользования недрами;

з) оказание государственных услуг, связанных с проведением:

в установленном порядке геолого-экономической и стоимостной оценки месторождений полезных ископаемых и участков недр;

государственной экспертизы запасов полезных ископаемых, геологической и экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр, а также проектно-сметной документации на ведение работ по геологическому изучению недр.