В соответствии с указами Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 г «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» и от 12 мая 2008 г. «Вопросы системы и структуры федеральных органов исполнительной власти» Председатель Правительства России В.В. Путин подписал Постановление Правительства Российской Федерации «О Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации», которым утвердил Положение о Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации и соответствующие изменения в предыдущие постановления Правительства Российской Федерации.